이번 제109회 총회에 헌의된 안건들 중에서 쟁점이 되는 것 중 하나는 "106회 총회장, 서기, 회록서기, 107회 총회장, 전 총무, 총회회계 및 총회선거관리위원장, 심의분과위원장 등의 조사처리 헌의의 건"이다.
이 헌의안은 "총회장과 서기, 회록서기는 전국교회와 전국 목사 및 장로에게 모범을 보여야 하는데 106회 총회장과 서기, 회록서기, 107회 총회장, 총회회계, 전 총무 및 107회 총회선거관리위원장, 선관위 서기, 심의분과원장은 총회의 헌법질서를 파괴하였기에 엄중히 조사처리해 달라"는 내용이다.
이 헌의안에 적혀있는 구체적인 헌의 내용은 다음과 같다.
(1) 총회 임원이 분쟁 중에 벌어진 재판사건에서 한쪽 편을 들어주어 총회 임원이 지켜야 할 공정성을 위반하였습니다. 또한 채권자와의 불법 연대를 의심할만한 행동을 하기도 했으니 엄중히 조사하여 처리해 주시기 바랍니다.
(2) 제106회 임원은 대법원 판결(충남노회 사건, 성석교회 사건)을 거부함으로 국가 법치를 훼손했고, 장로회 헌법을 파괴하고, 제102회 총회 결의(대법원 판결까지 보류한다)를 위반한 불법을 행했습니다.
(3) 제107회 총회장과 총무는 총회본부가 불상의 인물에 의해 뚫리고, 본부의 컴퓨터가 탈취당하여 비상의 상황이 벌어졌음에도 불구하고 늑장대응으로 총회의 질서를 무너뜨렸으며, 하회(중앙노회)의 조사청원 문건(2023년 5월 10일 접수)을 2개월간 묵인 방관 등으로 직무를 유기했으며, 심지어 불상의 범죄자와 내통한 듯한 인상을 줌으로써 총회의 신뢰를 무너뜨렸습니다.
(4) 제107회 총회장과 총회회계 및 제106회 총회 회의록서기는 연대하여 총회 실행위원회에서 샬롬부흥 활동 사업비 10억원 결의를 이끌어냈습니다. 이는 총회에 재원이 마련되어 있지 않는 가운데서 목적기금으로 적립된 10억원을 사용하기로 결의한 것은 위법합니다. 총회가 적립해 놓은 목적기금은 총회의 허락을 득해야 사용이 가능한 것인데, 총회가 실행위원회에서 10억을 쓰기로 결의한 것은 정당하지 않습니다.
(5) 107회 총회장이 모 총회 임원 후보자에게 불법 선거자금을 받았다가 돌려주었다는 의혹과 소문이 무성하게 나돌았습니다. 이에 대해 사실 확인 후 총회 규칙에 의거 엄중히 조사 처리해 주시기 바랍니다
(6) 제107회 총회는 제주수양관 부지와 관련하여 “제주수양관건립위원회를 구성하되 총회 임원회에 맡겨 처리하기로 가결”한 바 있습니다. 이 가결은 위원회 구성을 총회 임원회에 맡겨 처리하기로 가결한 것이지, 건립을 추진하거나 사업을 진행하는 것을 가결한 것이 아닙니다. 더욱이 총회 규칙상 특별위원회는 총회가 위임하는 사건을 처리하는 위원회로써 모든 위원은 5인 이내로 하며 그 권한은 총회가 정하며, 위원은 그 맡은 사건의 처리한 전말을 총회 개회익일 이내에 총회에 보고하여야 합니다. 그런데도 총회장은 총회 임원회가 총회의 수임도 없는 제주수양관건립의 건을 추진함으로써 위 총회 결의와 규칙을 위반했습니다.
(7) 107회 총회장은 총회본부 리모델링 공사에 대한 최종 결재권자로서 입찰 형식을 통해 재척 사유가 있는 인사에게 공사를 맡겼습니다. 매회기마다 총회장 및 총회 임원, 총회 재판국장 등과 연루되어 있는 인사가 총회 본부 리모델링 공사를 맡은 것은 있을 수 없는 일입니다.
(8) 107회기 중에 선임된 은급재단 이사를 선임하면서 총회장은 사조직으로 알려진 일부 인사들을 끌어들여서 경험이 거의 없는 자들로 하여금 은금 기금 500억원을 관리 감독하는 중대한 일을 맡기게 했다는 의혹이 제기되고 있으니 사실 확인한 후 총회장으로서 사조직을 가동하여 이사의 특권을 준 행위에 대해서 엄중 조사해 주시기 바랍니다
(9) 107회 총회선거관리위장과 심의분과위원장은 선거규정 위반 불법행위를 했습니다. 부총회장 후보로 등록한 이이복 후보에 대해서는 일체의 소명 기회도 주지 않은 채 제1차 정견발표(2023. 9. 4) 전날까지 후보확정을 일방적으로 미루는 등의 편파적이고 불공정한 심의로 총회 질서를 어지럽혔습니다. 또한 부당한 금권거래에 참여한 의혹이 제기되며, 교권을 남용하여 총회의 질서를 어지럽혔습니다.

